Главная Геномное профилирование Комплексное геномное профилирование — инновационный метод диагностики опухолей для персонализации лечения

Комплексное геномное профилирование — инновационный метод диагностики опухолей для персонализации лечения

08 июля 2024 г. 32 просмотров Поделиться статьей

0

Комплексное геномное профилирование – инновационный метод диагностики опухолей для персонализации лечения

Достижения науки стремительно изменяют схемы лечения пациентов с онкопатологией. Рассмотрим, что такое комплексное геномное профилирование, и почему важно проводить исследование опухолей на генетические мутации.

Содержание статьи

Биологическое разнообразие опухолей – проблема или решение? Почему важно проводить геномное профилирование опухолей Комплексное геномное профилирование — подход, объединяющий новейшие методы диагностики и лечения рака Заключение

Современная медицина с каждым годом узнает все больше о генетических предпосылках онкологических заболеваний. Наука движется в сторону выявления и тщательного изучения мутаций, лежащих в основе рака. Теоретические наработки активно внедряют в практическую медицину, которая становится все более персонализированной. Новые методы позволяют подобрать для каждого пациента с онкопатологией максимально эффективное индивидуальное лечение с учетом особенностей течения именно его заболевания. Важную роль в этом играет комплексное геномное профилирование (КГП). Этот подход позволяет составить полную картину генетических изменений внутри каждой опухоли и на основе биоинформационного анализа и экспертного мнения получить практические рекомендации по эффективному и безопасному лечению.

В этой статье мы разберем основные понятия, связанные с генетикой рака, поговорим о видах мутаций при опухолях и расскажем, как КГП помогает их обнаружить.

Биологическое разнообразие опухолей – проблема или решение?

Под общим термином «рак» в действительности понимают огромное количество заболеваний. Более того, злокачественный процесс в одном органе может иметь множество подтипов. Например, один только подтип рака легкого, который называют немелкоклеточным, может запускать мутации как минимум в 13 изученных генах — они составляют основные 2/3 «виновников» этой болезни. А сколько генов, вовлеченных в развитие этой болезни, еще не изучено1?!

ээ

То есть существует множество молекулярных путей, сбой в которых приводит к тому, что нормальные клетки становятся злокачественными. Кроме того, в одной опухоли могут сочетаться разные мутации. С одной стороны, биологическое разнообразие опухолей — проблема, потому что нужно понять, какой вид заболевания у конкретного больного и из множества вариантов лечения выбрать оптимальный. С другой стороны, современные методы терапии позволяют прицельно воздействовать на конкретные молекулярные «поломки». И если точно подобрать «ключ», результат лечения будет очень хорошим.

Почему важно проводить геномное профилирование опухолей

Почему важно знать генетический профиль опухоли и связанные с ней мутации? Дело в том, что лечение рака очень усложнилось. В 2017 году в разработке находилось более 700 лекарственных молекул, действие которых направлено на разные пути образования опухолей2. Для подбора эффективного лекарства необходимо знать, какие именно генетические мутации есть в конкретном случае заболевания. Для этого проводят секвенирование — определение последовательностей «кирпичиков» (нуклеотидов), из которых состоит ДНК (генетический код) опухолевой клетки.

Секвенирование нового поколения расширяет возможности геномного профилирования опухолей

Передовой метод секвенирования нового поколения (с англ. NGS — next generation sequencing) дает возможность исследованием одного биоматериала провести комплексное геномное профилирование опухоли, т.е. обнаружить все возможные генетические изменения в большом количестве онкозначимых генов. При NGS происходит параллельное считывание миллионов мелких участков ДНК, их сравнение с эталонным геномом с помощью биоинформатического анализа.

Если с помощью прежних методов, таких как полимеразная цепная реакция (ПЦР), иммуногистохимическое исследование (ИГХ) или флуоресцентная гибридизация in situ (FISH) можно было исследовать изменения в одном или нескольких генах, то NGS позволяет исследовать практически весь геном за один раз3, 4.

Комплексное геномное профилирование — подход, объединяющий новейшие методы диагностики и лечения рака

С помощью КГП можно проанализировать все классы генетических изменений во всех известных онкозначимых генах. Таким образом, значительно повышается точность выявления мутаций в генах и определения типа опухоли. Так, КГП позволяет выявить до 37% больше пациентов с изменениями в генах при меланоме и до 35% больше при некоторых видах рака легкого по сравнению с методами ПЦР, ИГХ, FISH и другими традиционными методами5–7. Существуют тесты, позволяющие определить изменения (мутации) в 324 генах, связанных с раком.

КГП обеспечивает сопроводительную диагностику — дает информацию для безопасного и эффективного использования соответствующего лечения.

То есть, проведя один тест, можно оценить изменения во всех генах, которые рекомендуют проверять на мутации. Такое геномное профилирование опухоли помогает выбрать самый подходящий в конкретном случае вариант лечения8, 9. Современные методы лечения избирательно действуют на конкретные звенья процесса образования опухоли, благодаря этому можно точно «бить в цель» (таргетное воздействие, иммунотерапия), уничтожая только злокачественные клетки.

Какие ткани подходят для исследования методом КГП?

Для проведения тестирования подходят кусочки тканей опухоли, полученные при биопсии или во время операции. В случаях, когда биопсия ткани невозможна, или образца ткани недостаточно для анализа, можно использовать венозную кровь.

йй

Кому показано проводить комплексное геномное профилирование?

В целом КГП показано для пациентов:

  • с любым видом злокачественного новообразования III–IV стадии;
  • и/или при опухолях, устойчивых к терапии;
  • и/или при рецидивирующих опухолях;
  • и/или при метастатических формах рака.

Особенно важно КГП для пациентов с опухолями невыявленной первичной локализации (ОНПЛ) и большой генетической разнородностью.

Как устроена система тестирования КГП

Комплексное геномное профилирование может состоять из нескольких этапов10, 11:

вв

  1. Образцы исследуют на все клинически значимые генетические изменения с помощью секвенирования нового поколения NGS.
  2. Данные структурируют и получают практический результат с помощью биоинформационного анализа.
  3. Формируется подробный отчет с информацией о геномных изменениях в опухоли конкретного пациента и возможных персональных терапевтических подходах и вариантах таргетного лечения.

Каковы преимущества КПГ?

Инновационный метод геномного профилирования12:

  1. Комплексно оценивает все основные классы изменений в сотнях онкозначимых генов.
  2. Имеет высокую чувствительность и специфичность для ключевых геномных изменений.
  3. Комплексная панель подобрана на основании ведущих и проверенных в клинической практике научных рекомендаций, а также подтверждается биоинформатическим анализом.
  4. Итоговый подробный отчет дает четкое представление о геномном профиле опухоли пациента и позволяет подобрать ему персонализированное лечение.
  5. Быстрый ответ: от момента получения образца до отправки отчета врачу проходит менее двух недель.

Заключение

Современные научные достижения позволяют выявлять все типы молекулярных изменений в опухоли с высокой точностью. В результате врачи получают уникальный генетический профиль опухоли у каждого конкретного пациента. Благодаря этому они могут поставить точный диагноз, определить прогноз и выбрать оптимальное лечение, подходящее именно этому пациенту, то есть максимально индивидуализировать терапию. Комплексное геномное профилирование — инновационный подход, объединяющий в клинической практике новейшие методы диагностики, биоинформационный анализ и ведущих экспертов, чтобы каждый человек с онкологическим диагнозом мог получить лечение, которое подойдет именно ему и даст максимально эффективный результат.

Также читайте в нашей статье о видах мутаций и о том, при каких заболеваниях они могут встречаться.

M-RU-00009606 Март 2023

Было полезно?

Мы заботимся о том, чтобы наши материалы содержали актуальную информацию, а также оказывали читателям всю необходимую помощь и поддержку. Сообщите, пожалуйста, была ли эта статья полезна для вас.

Да, было полезно Нет Поделиться статьей

Список литературы

  • Tsao A.S., Scagliotti G.V., Bunn Jr.P.A. J Thorac Oncol. 2016 May;11(5):613–638. DOI: 10.1016/j.jtho.2016.03.012.
  • Global Oncology Trends Report 2018. Report by IQVIA Institute for Human Data Science. (Электронный ресурс.) https://www.iqvia.com/-/media/iqvia/pdfs/institute-reports/global-oncology-trends-2018.pdf (дата обращения: 11.10.2022).
  • Murakami Y., et al. A screening method for the ALK fusion gene in NSCLC. Front. Oncol 2012. (Электронный ресурс.) https://doi.org/10.3389/fonc.2012.00024 (дата обращения: 04.06.2024).
  • Illumina sequencing. (Электронный ресурс.) https://www.ebi.ac.uk/training/online/course/ebi-next-generation-sequencing-practical-course/what-next-generation-dna-sequencing/illumina- (дата обращения: 04.06.2024).
  • Boussemart L., et al. Annals of Oncology. 2017;28(5):428–448.
  • Ali S.M., et al. Oncologist. 2016;21:762–70.
  • Schrock AB., et al. Clin Cancer Res. 2016;22:3281–5.
  • Rotter J., Wilson L., Greiner M.A., et al. Shared-Patient Physician Networks and their Impact on the Uptake of Genomic Testing in Breast Cancer. Breast Cancer Res Treat. 2019 Jul;176(2):445–451. Published online 2019 Apr 26. DOI: 10.1007/s10549-019-05248-2.
  • FoundationOne CDx Press Release. FDA companion diagnostic approval. (Электронный ресурс.) https://www.foundationmedicine.com/press-releases/f2b20698-10bd-4ac9-a5e5-c80c398a57b5 (дата обращения: 04.06.2024).
  • Beaubier N., Bontrager M., Huether R., et al. Integrated genomic profiling expands clinical options for patients with cancer. Nature Biotechnology. 2019;37:1351–1360.
  • Torres G.F., Bonilla C.E., Buitrago G., et al. How clinically useful is comprehensive genomic profiling for patients with non-small cell lung cancer? A systematic review. Crit Rev Oncol Hematol. 2021;166:103459. DOI: 10.1016/j.critrevonc.2021.103459.
  • Woodhouse R., et al. Clinical and analytical validation of FoundationOne Liquid CDx, a novel 324-Gene cfDNA-based comprehensive genomic profiling assay for cancers of solid tumor origin. PLoS One. 2020;15(9):e0237802. DOI: 10.1371/journal.pone.0237802.
Карта онкоцентров

Обратная связь

В своих материалах мы стараемся отвечать на вопросы, которые действительно волнуют наших читателей. Поэтому для нас очень важна обратная связь. Пожалуйста, напишите, какие статьи вы хотели бы видеть на сайте.

Напишите нам

Полезные статьи

Мы собираем и обрабатываем пользовательские данные, в том числе, файлы cookies для оптимизации сайта и подбора для Вас релевантного контента. Нажимая «Принять» или продолжая просмотр сайта, Вы даете согласие АО «Рош-Москва» на использование таких данных в соответствии с Политикой в отношении файлов cookies и Пользовательским соглашением.